最近身近に起きた「修正申告」に関わるニュースをいくつか紹介してみたいと思います。

「ライブドアの元社長・堀江貴文被告が、東京国税局からおよそ3,000万円の申告漏れを指摘されていたことがわかった。
関係者などによると、堀江貴文被告は、ライブドアの事業用資産の減価償却を行った際、個人資産も一緒に償却していたという。
東京国税局は「個人資産は控除して償却すべき」とし、堀江被告に対し、2007年までの2年間で、およそ3,000万円の申告漏れを指摘した。
堀江被告は、自身のブログで「所得隠しはしていない。すでに修正申告をした」などとしている。」（参考・引用：FNNニュース/2008年11月17日）

ニュースの内容から判断して、悪質とは言い切れないもので堀江貴文被告と東京国税局の見解の相違、解釈の違いが原因と思われます。
堀江被告は世間を騒がせた方なので、東京国税局も重箱の隅をつつくような（？）調査をされたでしょうから、しょうがない気もします。
それに関連して以下のようなニュースもご紹介します。

「ライブドアホールディングス（旧ライブドア）が東京国税局の税務調査を受け、2006年9月期までの4年間で、約23億6000万円の申告漏れを指摘されたことが分かった。うち所得隠しは約9億2000万円に上り、追徴税額は重加算税などを含め約12億6000万円。同社は修正申告した。

同社などによると、旧ライブドアは2004年9月期に、買収を予定していた結婚仲介サイト運営会社「キューズ・ネット」との取引で、広告費などの名目で約9億円を受け取り、売り上げに計上した。

東京国税局は取引が架空だったとした上で「ライブドアへの寄付金に当たる」と指摘、キューズ社の経費と認めず所得隠しと認定。キューズ社が2006年2月にライブドアに合併されたため同社が課税対象となった。また2003年9月期にＩＴ関連会社「プロジーグループ」など子会社5社を合併した際の営業権償却費をめぐり、経理ミスで約10億円の申告漏れを指摘されたという。

ライブドアホールディングス広報・ＩＲ部は「国税当局の指摘を厳粛に受け止めている。法令順守と信頼の回復に努めたい」としている。
同国税局は、キューズ社からの支出は、ライブドア側への実体のない「寄付金」にあたるとし、架空の支出を装って隠蔽（いんぺい）を図ったと指摘したという。キューズ社は18年2月に子会社となり、ライブドアＨＤが課税されることになった。」（参考・引用：CNET　Japan/2008年7月11日）

ライブドアホールディングスの修正申告については、同じ東京国税局から、悪質な所得隠しと認定されて追徴課税、重加算税が課されています。
このように悪質と思われる脱税（節税から逸脱したもの）については、厳しいペナルティが課されますのでご注意なさってください。